Qui-Gon fue un noble Caballero Jedi en los tiempos de la Antigua República. Fue instruido por una eminencia de la Orden Jedi: el Maestro Dooku. Jinn se adiestró como un hombre serio, generoso y amable, pero también desarrolló un criterio propio y cierta testarudez que en la mayoría de las ocasiones no eran del agrado del Consejo Jedi.
Qui-Gon cumplió con su deber con distinción, luchando en varios conflictos y resolviendo muchas crisis políticas. Se alarmó cuando descubrió que la codiciosa Federación de Comercio conseguía un ejército propio y que era la mismísima República a la que él defendía quien se lo concedía. Fue también estrecho colaborador del Canciller Supremo Finis Valorum, a quien salvó de un atentado.
El Consejo estaba convencido de que Jinn sería un gran Maestro a pesar de su ocasional terquedad, por lo que Qui-Gon tomó como aprendiz padawan al joven muchacho Obi-Wan Kenobi. Éste fue un alumno dócil y aplicado, demostrando que sería un Jedi brillante en un futuro, Qui-Gon sabía que en sus manos tenía un diamante en bruto.
A lo largo de los años e intentando resolver un conflicto en el sistema Yinchorri, uno de los Maestros Jedi del Consejo murió, dejando un sillón vacante en el Templo Jedi. Muchos pensaron en Qui-Gon para ocuparlo, pero su independencia hizo que el elegido fuera Ki-Adi-Mundi. A Jinn no le importó en absoluto.
Durante el intento de asesinato de Valorum, Qui-Gon y su alumno Kenobi tenían la misión de cazar a los piratas que atacaban a las naves de mercancía de la Federación de Comercio. Esta explotaba su monopolio sobre los sistemas del Borde Exterior, con lo que un grupo armado comenzó a realizar escaramuzas contra ella.
Esta crisis finalizó en la Cumbre de Eriadu, donde los dirigentes de la Federación de Comercio fueron asesinados dejando el mando a la facción neimoidiana del virrey Nute Gunray. Qui-Gon terminó con la banda pirata y la Federación tuvo acceso a un ejército que la protegiera. Ahora, la República impuso una altas tasas sobre las rutas estelares a la Federación.
Estos impuestos y un presunto caso de corrupción contra Valorum hicieron temblar los ya poco sólidos cimientos del Senado. La indignada Federación decidió realizar un bloqueo alrededor del planeta Naboo, hogar y mundo que representaba el senador Palpatine, estrecho colaborador de Valorum.
Valorum tuvo que enviar en secreto a Qui-Gon Jinn y a Obi-Wan Kenobi a mediar el conflicto con la Federación. Cuando los Jedi en calidad de embajadores llegaron a la nave del virrey Gunray, fueron atacados por los androides de batalla del nuevo ejército de la Federación. Los cobardes neimoidianos, ante la situación enviaron un ejército invasor al planeta, conquistando en poco tiempo la capital y a su joven reina, Padme Amidala.
Los Jedi consiguieron escapar a Naboo, donde gracias a la ayuda del torpe gungan Jar Jar Binks (que fue rescatado por Qui-Gon), ayuda que no era muy apreciada por Kenobi, consiguieron llegar a la capital Theed y liberar a la reina.
En la huida a bordo de la nave real, sufrieron desperfectos de consideración y tuvieron que aterrizar en un mundo dominado por los hutts: Tatooine. Allí, Qui-Gon, Padmé (disfrazada de sirviente), el gungan y el androide R2-D2 tuvieron que recurrir a un comerciante toydariano llamado Watto para que les consiguiera las piezas necesarias para arreglar la nave. Como Tatooine estaba fuera de la República, no tenían dinero con que pagar las piezas. Fue el esclavo de Watto, un niño llamado Anakin Skywalker quien les acogió y les resolvió el problema. A Qui-Gon le asombró la intensidad del niño: era generoso, construía objetos muy complejos (incluso había reconstruido un androide de protocolo) y poseía una capacidad para el pilotaje sobrehumana. Qui-Gon le realizó un examen midicloriano para medir el potencial para con la Fuerza de Anakin. El resultado: incluso más potencial que el Maestro Yoda. Qui-Gon averiguó de la madre, Shmi Skywalker que el niño se había gestado solo en su vientre. Qui-Gon no necesitaba saber más. Debía llevar al niño a Coruscant para entrenarle.
Apostando con Watto, Qui-Gon se jugó el todo por el todo en una carrera de vainas, en la que participaba Anakin. Finalmente, el niño ganó y consiguieron las piezas para la nave y Qui-Gon reclamó la propiedad de Anakin, que habían apostado previamente. Durante el trayecto a la nave, Qui-Gon fue atacado por un misterioso atacante entrenado en las artes Jedi. Qui-Gon dedujo que podría haber sido un guerrero Sith.
Así Qui-Gon prosiguió su misión y llevó al niño al Consejo Jedi mientras la reina Amidala exponía su caso al Senado. Todo salió bastante mal: el Consejo pensaba que el niño era demasiado mayor y sentía demasiado deseo de ser entrenado, y el Senado se demostró incapaz de resolver el conflicto de Naboo. La reina solicitó una moción de censura contra Valorum, y el senador de Naboo, Palpatine se convirtió en el nuevo Canciller Supremo.
El Consejo envió a Qui-Gon de nuevo a Naboo para proteger a la reina, quien estaba decidida a volver para salvar a su pueblo. Se llevó a Anakin con ellos, y allí sellaron la paz entre los naboo y los gungans para conseguir atacar a la Federación y capturar al virrey. Durante la batalla, Qui-Gon y Obi-Wan se separaron del grupo al encontrarse con el misterioso Lord Sith.
Tras un intenso combate, el Sith llamado Darth Maul consiguió abatir al Maestro Jedi atravesándolo con el sable láser.
Obi-Wan acabó partiendo en dos al misterioso y agresivo guerrero, y corrió a socorrer a su moribundo Maestro. Con su último aliento, Qui-Gon hizo prometer a su discípulo que entrenaría a Anakin. El padawan así lo hizo, y Qui-Gon Jinn murió, uniéndose a la Fuerza, y siendo despedido con todos los honores en Naboo.
Qui-Gon, por su espíritu rebelde y su sabiduría, fue el primero en atravesar la barrera de la inmortalidad, se volvió uno con la Fuerza. Él logró enseñarle este arte al Maestro Yoda, quien luego lo traspasó a Obi-Wan Kenobi.
Pese a esto la carrera de Qui-Gon siempre estubo marcada por el padawan anterior a Kenobi, de nombre Xanatos, que pese a ser poderoso en la Fuerza, abandono la orden para ayudar a su padre, que luego murió en manos de Qui-Gon por traicionar a la Republica. Xanatos enfureció y huyo; pero pasado un tiempo volvió para vengarse aunque no lo consiguió y de nuevo huyó
Jedi del planeta Kiffu, sirvió a la República Galáctica durante las Guerras Clon y fue maestro de Aayla Secura. Durante un tiempo, su memoria fue borrada y permaneció ignorante de su pasado como Jedi y atentó contra su integridad dando un paso al lado oscuro de La Fuerza.
Finalmente a mediados de las Guerras Clon, traicionó a la República Galáctica y se unió a los Separatistas. Pero su personalidad de Jedi prevaleció y así regresó a la Orden y fue asignado como General. El Maestro Vos ganó varias batallas al final de las Guerras Clon, aunque estaba decidido a abandonar la Orden una vez finalizada la Guerra. Esta decisión se basó en su conocimiento del embarazo de Khaleen, su mujer (a ocultas del Consejo). Después de su asignación a Boz Pity, Vos fue enviado a Kashyyyk, el planeta de los Wookies, en el cual sus propias tropas clon lo intentan asesinar al ser activada la Orden 66. Quinlan Vos sobrevive, malherido, con la intención de acabar con aquellos que lo están cazando.